在预算编制前，确定每项预算的归口管理部门是重中之重，所以，全面预算管理首先要明确部门职责。

一、党务部门。一是党办负责党建、统战、影像设备、报刊费、各类宣传活动、其他党建预算；二是纪检监察处负责开展纪检监察工作预算；三是审计处负责组织实施外部审计方面预算；四是工会负责工会会员会费、工会经费、上缴上级工会经费方面预算；五是老干部处负责老干部活动经费预算；六是团委负责团建活动预算。

二、行政部门。一是医院办公室负责标识标牌、印刷费、应急物资、网络运营、电话费、公务接待费，法律服务费、诉讼费、会议费、邮电费、租赁费、委托业务费、学术会议预算；二是人力资源处负责人员引进、培训、奖惩、评价、退出，人员增减计划，进修、培训、学习、差旅费预算；三是财务处负责工资、财务费用、咨询费、社会保障费、财务报表审计、各项税费、财务软件服务费、票据购置费、电子票据服务费预算；四是运营管理处负责综合绩效、各种单项绩效、绩效总额预算；五是质量管理处负责质量管理预算；六是信息处负责信息化建设，包括硬件、软件、信息化系统技术服务费、电子耗材、信息耗材预算；七是科教处负责实习生收入、教学（包括实习生费用）、科研项目、GCP收入和支出、带教老师授课费预算；八是门诊部负责门诊人次、均次费用预算；九是档案室负责档案整理归档预算；十是医保物价处负责医保病人人数、医保收入及医保罚款预算。

三、医疗部门。一是医务处负责出院患者人数、手术量、四级手术量、医疗责任险、医师节活动、名医工作室建设、政府指令性任务、医师外出学习进修、培训、重点专科建设、外聘专家、医联体帮扶、医疗赔偿金，进修收入等方面预算；二是护理部负责护士节活动相关经费支出，护理工作用品支出，护理实习生收入、护理进修生收入，护士外出学习进修、培训、护理理论技能比赛（竞赛）支出预算；三是感染控制科负责手卫生宣传图、医疗废物分类图、组织院内培训活动预算；四是社工部负责组织义诊需要的物品、较远或较长时间义诊的医生补助和餐饮、支援医联体医务人员绩效预算；五是病案室负责复印病历收入预算；六是公共卫生处负责职工疫苗接种、放射防护、健康促进宣教预算；七是互联网医院负责互联网小程序技术支持增加端口、互联网医院运营费预算；八是各临床医技及其他各科室负责编制本科室预算。

四、医技部门。一是药学处负责药品、血库材料、中药代煎费、自制剂委托加工费、追溯码采集服务费预算；二是医学工程处负责医疗设备、化验材料、卫生材料、医用气体、高值耗材、影像材料、医疗设备零部件、手术器械、设备设施检测及检验费、医用设备维修维护维保预算。

五、总务安保。一是基建科负责基本建设工程、基建维修改造项目预算；二是伙食科负责食堂、超市委托运营管理预算；三是动力科负责自来水费、污水处理费、电费、供热费、天燃气费、医用气体费、净化系统维护保养费、供热保障及维修、中央空调维护维修、变配电保障及维修、电梯和电力设备维护费预算；四是物业管理科负责物业费、医用垃圾处理费、垃圾清运费、绿化费预算；五是物资供应科负责洗涤费、物资采购类（包括水、电、气、暖、五金维修配件）、土产日杂、办公用品预算；六是保卫科负责消防演练、安保服务费、安保设备维护维修维保费、消防设施维护保养费预算；七是资产科负责办公家俱、通用设备、办公家具维修维护费预算；八是车队负责车辆购置、公务用车运行维护费、汽车加油费、专用燃料费、汽车保险费、汽车维修费、路桥费、其他交通费预算。

总之，医院的很多职能部门既是预算的执行者，又是预算的管理者和考评者，部门职责的确定是全面预算管理开展的前提和保障，而不同医院的组织架构和工作安排是不同的。